Địa bàn xã Đông Quan hiện nay trước đây vốn là ba xã: Đông Huy, Đông Lĩnh, Đông Phong thuộc huyện Đông Hưng.

Trước năm 1969, các xã Đông Phong, Đông Huy và Đông Lĩnh thuộc huyện Đông Quan cũ. Huyện lỵ huyện Đông Quan khi đó đặt tại xã Đông Phong.

Trước khi sáp nhập, xã Đông Phong có diện tích 2,58 km², dân số là 2.357 người, mật độ dân số đạt 914 người/km², gồm phố Châu Giang và 2 thôn: Cổ Hội, Thượng Phú. Xã Đông Lĩnh có diện tích 4,61 km², dân số là 3.652 người, mật độ dân số đạt 792 người/km². Xã Đông Huy có diện tích 3,42 km², dân số là 2.515 người, mật độ dân số đạt 735 người/km², gồm 4 thôn: Phong Châu, Minh Châu, Nam Châu, Roanh Châu.

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 892/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thái Bình (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 3 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của ba xã Đông Phong, Đông Lĩnh và Đông Huy thành xã Đông Quan.